Si bien la tradición nos ha hecho llegar la pertenencia en tiempos remotos ala orden templaria de este templo, no es menos verdad que esto se fundamenta en la originalidad de su propia construcción ya que en ella vemos una estructura de planta muy peculiar, al poseer solamente dos naves paralelas con dos ábsides gemelos, único caso en Cantabria y sin relación con el resto de España,. Su referencia podría estar en la iglesia mozárabe de San Millán de la Cogolla (La Rioja, s. X) o en algunas iglesias jacobinas y dominicanas del sur de Francia. Según se indica podría deberse esta disposición a una búsqueda de la centralización -objetivo de las órdenes mendicantes y de los templarios- y podría tener un significado esotérico.
Históricamente hablando podemos decir que existen dos fases diferenciadas en su construcción y posterior configuración: la primera comprendería los ábsides y primer tramo de las naves y dataría de finales del siglo XIII o principios del XIV románico-, mientras que la segunda -tramos posteriores- se llevaría a cabo en el siglo XV-gótico-. Dentro de la escultura monumental canecillos y capiteles- es la más tosca e ingenua de todo el gótico religioso cántabro, y se caracteriza por la talla rehundida e incisa de trazos geométricos o esquemáticos. Predomina lo figurativo, y en particular las cabezas humanas. Para concluir la disección de las rarezas de Santa Marina decir que un hecho a destacar en particular es la propia disposición del ábside del evangelio, al exterior, con gran óculo que apoya sobre ventana alargada con mainel.