A lo largo de los siglos XIV y XV una serie de estirpes aparecieron protagonizando el poder local y el protagonismo político y económico de aquellas comarcas.
En la villa de Ampuero habria de sobresalir, según Lope García Salazar, la estirpe de Marrón, de la cual tenemos fragmantarias noticias que evidencian un papel secundario en las luchas banderizas.
Militando en el bando de los Negretes, Juan Sánchez Marrón murió asesinado, sucediéndole su hijo Pedro Sánchez Marrón, quien habría de adscribirse a la órbita de los poderosos Velasco.
Tambien tuvo un papel significativo el linaje De La Piedra, del cual según el «Nobiliario de los Reinos y Señoríos de España» encuentra su orígen en un personaje legendario, don Suero de la Piedra, que partió de Limpias en el 718 a unirse a Pelayo contra los moros.
El más importante de aquel linaje fue Pedro Sánchez de la Piedra, cuyo nieto, del mismo nombre, hizo la torre de Ampuero y cuya casa solar estaba frente a la ermita de San Miguel, sobre el barrio del Ribero. En la Epoca Moderna encontramos sus descendientes en la titularidad de la casa y como residentes en Indias.
Los linajes de Ampuero en la Epoca Moderna son la Casa de Espina, siendo Diego de la Espina y Lezcano, nacido en Ampuero en 1.627, Caballero de Santiago, y Juan Antonio de Espina y Velasco del Consejo de Su Majestad, Secretario Ministro y Contador principal de la Real Junta de Aposentamiento de la Real Casa. El Palacio de Espina en la Bárcena de Ampuero fue destruído en un incendio que se produjo en 1.765, ardiendo la torre.
En Cerbiago tenía casa el escribano del rey Bartolomé de Escajadillo, casado con Ana de Espina. El Apellido Escajadillo, originario de Ampuero, se extendió a Hoz de Marrón.
A lo largo de la Edad Media se consolidaron las instituciones municipales. La villa de Ampuero conformó su propio concejo integrado por vecinos, vecindad derivada del nacimiento de la población ó de la habitabilidad en ella en un cierto tiempo. Los vecinos gozaban de los privilegios de la villa y participaban en su gobierno y administración municipal a través de los concejos abiertos y de la realización de sus ordenanzas. Las ordenanazas municipales se convirtieron en los verdaderos códigos de la vida local, conformadas por varias docenas de capítulos que se irían reformando ó a los que se añadirían otros nuevos preceptos posteriormente aprobados.
Las más antiguas ordenanzas de la villa de Ampuero corresponden al año 1.529 y llevan el título de «Ordenanzas y estatutuos municipales del concejo y vecinos del lugar de Ampuero para su gobierno político y económico». Contienen 68 capítulos que regulan diferentes aspectos de carácter económico, administrativo y de relaciones laborales, abastecimiento, etc.
Entre las disposiciones de carácter agrícola y ganadera se encuentra el cuidado de las mieses, el cerrado de las viñas, la disposición de que el ganado que no sea de labranza esté en el monte y la defensa del vino patrimonial.
Al orden público afectan las limitaciones al juego y la prohibición de rondas, disponiéndose concretamente a que se castigase a los que rondasen la noche y a las molineras que abriesen las puertas.
Uno de los preceptos más singulares afecta a la defensa de la villa y del territorio y se ordena a los vecinos «que tengan armas de fuego para salir a defender el puerto, siempre que se ofrezca invasión de enemigos».
Otras disposiciones que afectan al gobierno municipal son que todos los vecinos asistan a los concejos abiertos, la elección de los oficiales del concejo, que se celebraba el 7 de abril de cada año, y la lectura de las ordenanzas municipales, que habría de hacerse dos veces al año en público concejo.